手続メモ（寺坂が確認した時点の情報にすぎません。正確な情報をお求めの方は特許庁ホームページをご覧下さい）

料金支払い
　１．予納台帳（印紙）
　２．インターネットバンキング（電子現金納付）
　３．ダイレクト（口座振替）
登録料金の自動納付（特実意のみ）ほぼ年金用
　１．予納台帳
　２．口座振替

書面の手続については口座振替の利用ができないのですか。

書面の手続については口座振替納付の利用はできません。例外として、特許料及び登録料の包括納付、自動納付（新制度）による納付について、別途事前の申出により口座振替納付は可能です。

ただし、既に包括納付の申し出をされている場合は予納台帳番号から口座振替番号への変更手続が認められておりませんので振替番号登録通知により振替番号を入手した上で「包括納付取下書」の提出と新たに振替番号を明記した「包括納付申出書」の提出が必要になります。

出願人に識別番号がふられていない場合は印鑑が必要なので、一次書類は押印が必要ですね。
それでも代理人側で処理できるならやはり電子がいいですね。